Sekularyzacja Zakonu Krzyżackiego
Wisły pozostawiono pod kontrolą dumnego miasta, jakby w przekonaniu, że najlepiej zagwarantuje ono funkcjonowanie zbytu polskiego zboża. Odrębności Prus Królewskich zostały zlikwidowane po 1568 roku. Natomiast po sekularyzacji Zakonu Krzyżackiego, powstałe w Prusach księstwo, bardzo wyraźnie zaznaczało swą od Rzeczpospolitej niezależność. Hołd złożony Zygmuntowi I w roku 1525 przez Albrechta Hohenzollerna, ostatniego Wielkiego Mistrza, był aktem nie przesądzającym o przyszłości. Obie strony miały podstawy by traktować to rozwiązanie jako sukces. Albrecht ratował się przed nieuchronną klęską militarną. Sekularyzacja natomiast odcinała księstwo od protekcji cesarskiej i papieskiej. Rzeczpospolita ubezpieczała swą flankę północną bez dalszych kosztów. Hohenzollernowie prowadząc do zbudowania swego państwa w Prusach, mimo nieraz twardej polityki, znajdowali znaczne oparcie w lokalnej szlachcie i mieszczaństwie. Nie wzbudzało to jednak zainteresowania ze strony czynników politycznych Rzeczpospolitej. Kolejno więc, przy okazji różnych trudności, królowie polscy zezwalali linii elektorskiej Hohenzollernów na dziedziczenie w Prusach (1563), na przeniesienie na nią lenna (1611), musieli wreszcie przystać na likwidację zależności lennej Prus Książęcych (1657). Doraźne korzyści były niewielkie, konsekwencje miały się okazać dużo później. Sprawy te jednak nie były w wieku XVI rozpatrywane w kategoriach etnicznych, a religijne ujawniły się dopiero w wieku XVII, gdy zaczęła się zaznaczać identyfikacja: polskość – katolickość – szlacheckość.