Stosunki z prawosławiem
Po pokoleniu biskupów obojętnych przyszła, na przełomie XVI i XVII wieku, fala ludzi nie mniej zaangażowanych w sprawy państwowe i politykę, ale odmiennego już stylu bycia. Ich prekursorem był Stanisław Hozjusz (1504-1579), biskup warmiński i kardynał, autor Confessio iidei catholicae Christiana (1555, 1557). Ten wykład dogmatyki katolickiej doczekał sie trzydziestu wydań i przekładów na wiele języków. On to w 1564 r. sprowadził do Polski jezuitów, którzy wywarli ogromny wpływ na życie religijne i kulturę następnego stulecia. Reforma katolicka czy kontrreforma nie sprowadzała się tylko do wzmacniania dyscypliny, przezwyciężania oporu duchowieństwa i właścicieli dóbr. Był to także proces oddolny, w którym czynny udział miały kapituły. To była publicystyka Kromera i Orzechowskiego, poezje Kochanowskiego i Szarzyńskiego, to fenomenalny przekład Biblii Jakuba Wujka (1599).
Inaczej ułożyły się stosunki z prawosławiem, właśnie dlatego, że warstwy posiadające polonizując się, przechodziły na kalwinizm lub katolicyzm. Nacisk na połączenie prawosławia szedł z Rzymu, idea nie miała podstaw społecznych. W 1596 r. w Brześciu został zawarty akt unii, w rezultacie której powstał kościół unicki, w obrządku greckim, ale uznający zwierzchność papieża. Doszło do gwałtownych konfliktów, m. in. z powodu niedopełnienia warunków politycznych (nie wprowadzenie biskupów unickich do senatu). Pod naciskiem szlachty przywrócono w 1635 r. uprawnienia kościoła prawosławnego, ale do napięć społecznych na Ukrainie doszły motywacje religijne. Konflikt ten ciężko zaważył na losach Polski i Ukrainy.